功能

01-DNA可视化：查看DNA序列的多个视图

·        地图：自定义，酶位点，引物，ORF，DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式

 

序列：使用双链模式查看酶位点，具有翻译，引物和DNA颜色。单链模式显示具有彩色的紧凑概览

 

 

·        酶：从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行，按名称或频率排序

 

 

·        功能：按名称、位置、大小、颜色，方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

 

·        引物：按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

 

·        历史：查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。

 

02-大序列：浏览染色体大小序列

·        查看：利用SnapGene的数据处理功能，扫描具有数千个带注释功能的大型DNA序列

·        搜索：使用的MICA算法即时在染色体内找到序列

·        缩放：使用多功能控件调整缩放系数和显示区域

 

03-蛋白质可视化：查看蛋白质序列的多个视图

·        地图：自定义区域、站点、键和序列颜色的显示

·        系列：使用具有相关功能的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列

·        属型：查看蛋白质的分子量，消光系数，等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析

·        属性：按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换

·        历史：查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生

 

04-直观的序列编辑：编辑DNA和蛋白质序列

·        标准编辑：进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时，会自动传输功能

·        DNA结束：编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯

 

05-序列颜色编码：将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一

·        给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见

 

06-属性注释：自动注释常用功能，或手动注释新颖功能

·        自动检测：使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中您选择的功能可以添加到自定义数据库中

·        手动注释：选择DNA或蛋白质序列的一部分，并使用的GenBank兼容空间注释

 

模拟

SnapGene提供优雅、信息的窗口，用于模拟常见的克隆换个PCR方法

 

限制性站点指标：确认限制性网站适合克隆

·        属性：以粗体显示的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组

·        甲基化敏感性：限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点

·        性质：利用工具提示来避免有问题的限制网站

 

限制性克隆：可视化克隆过程

§  如果您已经准备好了过程，那么模拟需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷，则可以捕获并纠正错误。

 

聚合酶链反应：模拟标准PCR

§  使用您自己的引物，或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录上存储模板和引物。

 

重叠延伸PCR：通过重叠延伸PCR融合片段

§  组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向，SnapGene将设计引物。

 

引物定向诱变：使用诱变隐去进行定点诱变

§  选择诱变引物，然后按按钮以查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。

 

网关^®克隆：模拟网关^®BP克隆或LR克隆，或两者在同一时间

§  为了方便起见，提供了公共的供体向量和目的向量。选择要组装的片段，Snap Gene将设计引物。

 

Gibson组装

通过融合八个片段或通过将八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种克隆方法。

§  选择要融合的片段及其方向，Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。

 

IN-FUSION^®克隆

通过将八个片段插入载体来模拟Clontech的In-Fusion克隆。融合克隆是创建基因融的一种通用的方法。

§  选择要融合的片段及其方向，Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反方向PCR产生。

 

TA和GC克隆：通过TA或GC克隆捕获PCR产物

选择常规TA克隆或高校GC克隆

§  为了方便起见，通过了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。

 

退火寡核苷酸：将两个寡核苷酸退火以形成双链产物

§  使用的控件添加突出端以进行限制性克隆。

 

避免错误

使用SnapGene的结构是正确的，并确认已获得的序列。

 

基因融合阅读框：构造中的翻框架中。

§  链接的翻译

使用“序列”视图可以查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果这样，翻译将链接在同一行上。如果不是，则翻译在单独的行上。

 

与参考序列比对：使用功能的对齐工具检查实际结构是否与模拟结构匹配。

§  映射概述

查看比对序列与参考序列匹配的地方以及存在差异的概述。

§  序列详细信息

 

自动记录

SnapGene自动记录操作以创建图形历史记录，并将原型构造在文件中。

 

“撤销”功能：撤销几何操作。

尝试SnapGene文件而感到—重复步骤。

 

历史和原型：查看构造的图形历史记录

单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分，或单击PCR引物名称以查看引物序列。

在历史树中单击原型，以重新生成该原型序列文件，其注释和克隆历史记录。

 

历史颜色

使用可选的历史记录颜色来标识序列的更改

查看有关组装结构的详细信息，结扎的粘性末端。

 

拥有您的数据

SnapGene使您可以选择读取和共享文件，同时保持对数据的控制。

 

安全文件管理

将SnapGene文件保存在的位置。

使用计算机上熟悉的安全操作系统来存储和组织SnapGene文件

 

从格式导入

读取常见的文件格式

导入DNA序列，还导入注释。将继续开发进口商，以您不会被锁定的文件格式。

 

导出为标准格式

将序列，图谱或凝胶图像转换为标准格式。将地图或模拟的穷糖凝胶导出为常见的图像格式。

 

与SnapGene Viewer共享数据

需将文件和链接发送到SnapGene Viewer。就像的SnapGene界面一样，收件人将能够看到图，序列和注释。

 

SnapGene 6.1为克隆和可视化提供了新功能：亮点包括在模拟Golden Gate Assembly时简化的引物设计、用于ssRNA序列的新二级结构视图，以及在全部操作系统中支持黑暗模式。

 

Golden Gate Assembly使用新工具模拟Golden Gate Assembly，可以自动设计Golden Gate Assembly的引物和悬垂，优化反应保真度，以很大程度的提高成功的可能性。

 

RNA二级结构

使用新的二级结构视图可视化您的单链RNA序列如何折叠，该视图显示由ViennaRNA Package计算的理想结构。

 

深色模式

SnapGene用户界面现在支持黑暗模式。默认情况下，将与您的黑暗或光明模式操作系统设置相匹配。

 

导出的选项

使用选项中的新导出面板自定义如何将内容导出到GenBank，包括LOCUS字段标识功能导出选项。

 

支持Apple Silicon

SnapGene现在可以在装有M1芯片的Apple电脑上运行。

 

系统操作要求：

Windows 7或更高版本（64位只适用于Intel，SnapGene 5.1或更高版本）

macOS 10.11（SnapGene 5.2.5或更早版本）

macOS 10.12或更高版本（SnapGene 6.0.0或更高版本）

Fedora Linux 21或更高版本

Red Hat （包括CentOS）Linux 7.2或更高版本（SnapGene 5.2.2或更高版本）

Ubuntu Linux 18.04或更早的LTS版本（SnapGene 5.3.3或更早版本）

Ubuntu Linux 20.04（SnapGene 6.0.0或更高版本）

 

硬件要求：

内存：1GB以上

硬盘：250MB可用磁盘空间

显示：分辨率1440×900或分辨率