SnapGene

厂商名称:SnapGene

产品类别:
  • 软件
  • BI与报表工具
  • 数据可视化

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产品简介 相关产品 厂商介绍

功能

01-DNA可视化:查看DNA序列的多个视图

·        地图:自定义,酶位点,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式

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序列:使用双链模式查看酶位点,具有翻译,引物和DNA颜色。单链模式显示具有彩色的紧凑概览

 

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·        酶:从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序

 

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·        功能:按名称、位置、大小、颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。

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·        引物:按名称、位置、大小、颜色、方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换。


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·        历史:查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。

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02-大序列:浏览染色体大小序列

·        查看:利用SnapGene的数据处理功能,扫描具有数千个带注释功能的大型DNA序列

·        搜索:使用的MICA算法即时在染色体内找到序列

·        缩放:使用多功能控件调整缩放系数和显示区域

 

03-蛋白质可视化:查看蛋白质序列的多个视图

·        地图:自定义区域、站点、键和序列颜色的显示

·        系列:使用具有相关功能的1或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列

·        属型:查看蛋白质的分子量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析

·        属性:按名字、位置、大小、颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或展开的显示之间的切换

·        历史:查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生

 

04-直观的序列编辑:编辑DNA和蛋白质序列

·        标准编辑:进行插入、删除、替换和大小更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能

·        DNA结束:编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯

 

05-序列颜色编码:将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一

·        给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见

 

06-属性注释:自动注释常用功能,或手动注释新颖功能

·        自动检测:使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中您选择的功能可以添加到自定义数据库中

·        手动注释:选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用的GenBank兼容空间注释

 

模拟

SnapGene提供优雅、信息的窗口,用于模拟常见的克隆换个PCR方法

 

限制性站点指标:确认限制性网站适合克隆

·        属性:以粗体显示的限制性位点或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组

·        甲基化敏感性:限制性位点被Dam , Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点

·        性质:利用工具提示来避免有问题的限制网站

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限制性克隆:可视化克隆过程

§  如果您已经准备好了过程,那么模拟需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。

 

聚合酶链反应:模拟标准PCR

§  使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录上存储模板和引物。

 

重叠延伸PCR:通过重叠延伸PCR融合片段

§  组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。

 

引物定向诱变:使用诱变隐去进行定点诱变

§  选择诱变引物,然后按按钮以查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。

 

网关®克隆:模拟网关®BP克隆或LR克隆,或两者在同一时间

§  为了方便起见,提供了公共的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,Snap Gene将设计引物。

 

Gibson组装

通过融合八个片段或通过将八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种克隆方法。

§  选择要融合的片段及其方向,Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。

 

IN-FUSION®克隆

通过将八个片段插入载体来模拟Clontech的In-Fusion克隆。融合克隆是创建基因融的一种通用的方法。

§  选择要融合的片段及其方向,Snap Gene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反方向PCR产生。

 

TA和GC克隆:通过TA或GC克隆捕获PCR产物

选择常规TA克隆或高校GC克隆

§  为了方便起见,通过了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。

 

退火寡核苷酸:将两个寡核苷酸退火以形成双链产物

§  使用的控件添加突出端以进行限制性克隆。

 

避免错误

使用SnapGene的结构是正确的,并确认已获得的序列。

 

基因融合阅读框:构造中的翻框架中。

§  链接的翻译

使用“序列”视图可以查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果这样,翻译将链接在同一行上。如果不是,则翻译在单独的行上。

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与参考序列比对:使用功能的对齐工具检查实际结构是否与模拟结构匹配。

§  映射概述

查看比对序列与参考序列匹配的地方以及存在差异的概述。

§  序列详细信息

 

自动记录

SnapGene自动记录操作以创建图形历史记录,并将原型构造在文件中。

 

“撤销”功能:撤销几何操作。

尝试SnapGene文件而感到—重复步骤。

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历史和原型:查看构造的图形历史记录

单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。

在历史树中单击原型,以重新生成该原型序列文件,其注释和克隆历史记录。

 

历史颜色

使用可选的历史记录颜色来标识序列的更改

查看有关组装结构的详细信息,结扎的粘性末端。

 

拥有您的数据

SnapGene使您可以选择读取和共享文件,同时保持对数据的控制。

 

安全文件管理

将SnapGene文件保存在的位置。

使用计算机上熟悉的安全操作系统来存储和组织SnapGene文件

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从格式导入

读取常见的文件格式

导入DNA序列,还导入注释。将继续开发进口商,以您不会被锁定的文件格式。

 

导出为标准格式

将序列,图谱或凝胶图像转换为标准格式。将地图或模拟的穷糖凝胶导出为常见的图像格式。

 

与SnapGene Viewer共享数据

需将文件和链接发送到SnapGene Viewer。就像的SnapGene界面一样,收件人将能够看到图,序列和注释。

 

SnapGene 6.1为克隆和可视化提供了新功能:亮点包括在模拟Golden Gate Assembly时简化的引物设计、用于ssRNA序列的新二级结构视图,以及在全部操作系统中支持黑暗模式。

 

Golden Gate Assembly使用新工具模拟Golden Gate Assembly,可以自动设计Golden Gate Assembly的引物和悬垂,优化反应保真度,以很大程度的提高成功的可能性。

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RNA二级结构

使用新的二级结构视图可视化您的单链RNA序列如何折叠,该视图显示由ViennaRNA Package计算的理想结构。

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深色模式

SnapGene用户界面现在支持黑暗模式。默认情况下,将与您的黑暗或光明模式操作系统设置相匹配。

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导出的选项

使用选项中的新导出面板自定义如何将内容导出到GenBank,包括LOCUS字段标识功能导出选项。

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支持Apple Silicon

SnapGene现在可以在装有M1芯片的Apple电脑上运行。

 


系统操作要求:

Windows 7或更高版本(64位只适用于Intel,SnapGene 5.1或更高版本)

macOS 10.11(SnapGene 5.2.5或更早版本)

macOS 10.12或更高版本(SnapGene 6.0.0或更高版本)

Fedora Linux 21或更高版本

Red Hat (包括CentOS)Linux 7.2或更高版本(SnapGene 5.2.2或更高版本)

Ubuntu Linux 18.04或更早的LTS版本(SnapGene 5.3.3或更早版本)

Ubuntu Linux 20.04(SnapGene 6.0.0或更高版本)

 

硬件要求:

内存:1GB以上

硬盘:250MB可用磁盘空间

显示:分辨率1440×900或分辨率


图片 产品名称 分类 厂商
Panopticon 数据可视化 Altair
ipswitch MOVEit Ipswitch MOVEit 数据可视化 Ipswitch, Inc
WindPro 数据可视化 EMD International A/S
EEcoMark 数据可视化 BAPCo
Windographer 数据可视化 Mistaya Engineering
F.A.S.T RTA 数据可视化 Fekete Associates Inc.
EnergyPro 数据可视化 EMD International A/S

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